Türkiye'nin ilk modern ulusal ilaç üretim tesisini 1952 yılında kuran Eczacıbaşı İlaç Sanayi'nin temelleri, Dr. Nejat F. Eczacıbaşı'nın 1942 yılında eğitimini tamamlayıp yurda dönmesiyle atıldı. Kuruluş, benimsediği yüksek standartlar ve getirdiği yeniliklerle Türk ilaç endüstrisine öncülük etti.

Türkiye ve küresel ilaç pazarlarındaki değişimlerin değerlendirilmesiyle stratejik ortak arayışına giren Eczacıbaşı İlaç Sanayi, 2007 yılında bağlı ortaklıklarından Eczacıbaşı Sağlık Ürünleri ile Eczacıbaşı Özgün Kimya'daki ortaklık paylarının yüzde 75'ini, eşdeğer ilaç alanında Avrupa'nın önde gelen kuruluşlarından Zentiva N.V.'ye devretti.

Eczacıbaşı İlaç Sanayi, sağlık sektöründe faaliyetlerini iştirakleri aracılığıyla sürdürüyor.

2002 yılında Kanyon projesi ile gayrimenkul geliştirme projelerini başlatan Eczacıbaşı İlaç Sanayi, İş Gayrimenkul Yatırım Ortaklığı'nın Kanyon Ofis Bloğu'ndaki %50 hissesini 2007 yılında satın alarak ofis bloğunun tümünün sahibi oldu.

Eczacıbaşı İlaç Sanayi, gayrimenkul geliştirme faaliyetleri kapsamında İstanbul Zekeriyaköy'de konut ve ticari alan inşasına uygun yaklaşık 200 bin metrekare arsayı 2007 yılında Eczacıbaşı Holding A.Ş. ile %50 ortaklık halinde satın alarak bu alandaki faaliyetlerini genişletti.

Eczacıbaşı İlaç Sanayi'nin unvanı "EİS Eczacıbaşı İlaç, Sınai ve Finansal Yatırımlar Sanayi ve Ticaret Anonim Şirketi" olarak değişti ve yeni unvanı Türkiye Ticaret Sicili Gazetesi'nin 24 Kasım 2008 tarih, 7195 sayılı baskısında yayınlandı.